Los ecosistemas se clasifican en:
- Según su orígen, los naturales ( creados por la naturaleza, son los ecosistemas mas abundantes y de gran extensión y comprenden los ecosistemas terrestres: bosuqes, selvas, mesetas, llanuras, montañas y cadenas montañosas, montes, desiertos, tundras, los marinos: ríos, arroyos, lagos, lagunas, estero, bañados, océanos y mares)y los artificiales( creados por la mano del hombre).
- Según su ubicación; terrestres, acuáticos y amfibios.
- Según su tamaño, macroecosistemas( ecosistemas de gran extensión, selvas, praderas, océanos, mares, etc) y microecosistemas( gota de agua, charco de agua).
- Ecosistema acuático, Chaparral, Arrecife de coral, Desierto, Gran ecosistema de Yellowstone, Ecosistema humano, Gran ecosistema marino, Zona litoral, Pluviselva, Sabana, Taiga, Ecosistema terrestre,Tundra,Selva, Bosque, Ecosistema urbano, Ecosistema microbiano litoautotrópico de subsuperficie y Manglar